Üniversitemiz kuruluş kanununda da belirtildiği üzere vakıf yükseköğretim kurumu değildir. Akademik ve idari konulardaki yetki kullanma ve karar alma Bölüm Kurulu ve Yüksekokul Yönetim Kurulu tarafından gerçekleştirilmektedir. İş akış sürecindeki imza yetkileri ve bu yetkilerin devri hususnda Bilecik şeyh Edebali Üniversitesi, İmza ve Yetki Devri Yönergesi’ne (https://kms.kaysis.gov.tr/Home/Goster/104309) uyulmaktadır.