Sürekli iyileştirme çalışmaları kapsamında kalite güvence sistemlerine entegrasyon sağlanmaya çalışılmaktadır. Gelen ve giden her türlü evrak dâhil iş ve işlemlerin kaydedildiği, sınıflandırıldığı ve dosyalandığı kapsamlı ve güncel bir evrak otomasyon sistemi olan Elektronik Belge Yönetimi Sistemi (EBYS) 2014 yılında kullanılmaya başlanmıştır. Üniversitemizin iç kontrol ve kalite gelişim süreci kapsamında bulunan tüm belgelerin Elektronik Kamu Bilgi Yönetim Sistemi (KAYSİS) içerisinde yer alacak şekilde hazırlanması onaylanması ve güncelleştirilmesine ilişkin standartları belirleyen Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi KAYSİS Belgesi Hazırlama Prosedürü 14.12.2015 tarihli senato kararı ile yürürlüğe girmiştir.