Üniversitemiz stratejik planda yer alan araştırma-geliştirme strateji ve hedeflerini gerçekleştirmek için üniversite bütçesinden bilimsel araştırma projeleri koordinatörlüğüne verilen bütçe ve idari ve mali işler dairesi başkanlığından makine teçhizat alımı için ayrılan bütçe ile finanse edilmektedir. Üniversitenin belirlemiş olduğu ihtisaslaşma alanlarında yapılacak çalışmalar için Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Hazırlama Değerlendirme ve Uygulama Yönergesine göre daha yüksek bütçeler sağlanmaktadır. Bu sayede bir politika olarak gereksiz cihaz alımı engellenerek bütçenin etkin kullanımı sağlanmaktadır. Araştırmacıların dış kaynaklara yönlendirilebilmesi için öğretim üyesi atama ve yükseltme kriterlerine dış finansmanlı proje şart konulmuştur.