Birimin geçmişi ve alışkanlıkları ile kalite güvence sisteminin entegrasyonu; Üniversitemiz 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 12. maddesi ile düzenlenmiş olan görevleri yerine getirmekte olup stratejik planında yer alan amaçlar ve hedefleri doğrultusunda yönetim ve idari yapılanmasında işlemlerine devam etmektedir. Kurum kültürünün en önemli unsurlardan birisi olan iç kontrol çalışmalarına 2009 yılında başlanılarak, Stratejik Plan ve İç Kontrol Standardı Hazırlama Komisyonları oluşturulmuştur. Konuyla ilgili 2009 yılında Üniversitemiz Kamu İç Kontrol Standartlarına Uyum Eylem Planı hazırlanarak Maliye Bakanlığına gönderilmiştir. 15.11.2011 tarihinde, mali karar ve işlemlere ilişkin süreç kontrolü amacıyla Üniversitemiz Ön Mali Kontrol İşlemleri Yönergesi yürürlüğe konulmuştur. 28.11.2012 tarihinde Üniversitemizin akademik birimlerinde yapılacak olan her tür bilimsel araştırma, çalışma, yayın ve etkinliklerde uyulması gereken etik norm ve ilkeleri belirlemek, etiğe aykırı davranışların yaptırımlarını düzenlemek, uygulamayı gözetmek amacıyla oluşturulacak Üniversite Etik Kurulunun görev, yetki ve sorumlulukları ile çalışma esaslarını tespit etmek amacıyla hazırlanan Etik Kurulu Yönergesi yürürlüğe konulmuştur. Yetki devri ve imza yetkisine ilişkin olarak Merkez Birimleri Yetki Devri ve İmza Yetkilerine İlişkin Usul ve Esaslar Yönergesi yürürlüğe konulmuştur. 18.08.2014 tarihinde başkanlık birimlerinin fonksiyonel ve operasyonel görev dağılımlarını belirlemek verilen görevlerin sonucunu izlemeye ve geleceğe dönük planlamalar yapmaya yönelik mekanizmalar oluşturmak ve hizmetin aksamadan yürütülmesini sağlamak için Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı birim yönergesi yürürlüğe konulmuştur. Misyon ve vizyon ve temel değerlerimiz belirlenmiştir. 2012-2016 Yılı Stratejik Planı ile yılları performans programları hazırlanmıştır. Görev tanımı formları, görev dağılım çizelgeleri, süreç çalışmaları, süreç sahibini, riskleri, sorumluları, süreci yürütecek kişide olması gereken yeterlilikler, kontrol faaliyetlerini, fayda maliyet analizini ve iş akış şemalarını da içeren süreç akış formları taslak olarak oluşturulmuştur. Bu taslak doğrultusunda Strateji Geliştirme Daire Başkanlığınca çalışmalar yapılmaktadır. Üniversitemizde iç kontrol standartlarına katkıda bulunan pek çok otomasyon bilgi sistemi (say2000i, E-Bütçe, KBS, TKYS, Öğrenci Bilgi Sistemi vb.) bulunmaktadır. Gelen ve giden her türlü evrak dâhil iş ve işlemlerin kaydedildiği, sınıflandırıldığı ve dosyalandığı kapsamlı ve güncel bir evrak otomasyon sistemi olan Elektronik Belge Yönetimi Sistemi (EBYS) 2014 yılında kullanılmaya başlanmıştır. İç kontrol sisteminin oluşturulması, uygulanması ve geliştirilmesi çalışmaları, Üst Yöneticinin liderliği ve gözetiminde, İç Kontrol İzleme Ve Yönlendirme Kurulu ve İç Kontrol Standartlarına Uyum Eylem Planı Hazırlama Grubunun yönlendirmesi ve yönetiminde, Strateji Geliştirme Daire Başkanlığının desteğinde harcama birimleri eliyle yürütülmektedir. Kurulun ve Grubun sekretarya hizmetleri Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı tarafından yürütülmektedir. Eylem planında öngörülen çalışmaları gerçekleştirmekle görevli birimler tarafından hazırlanan taslak düzenlemeler ve Grup tarafından belirlenenler, Grubun uygun görüşüyle Kurulun değerlendirilmesine sunulur. Kurulun değerlendirmeleriyle son şekli verilen taslak düzenlemeler Rektörün ve gerekmesi halinde Yönetim Kurulunun veya Senatonun onayına sunulur. Eylem planında belirtilen bazı eylemler birim amirlerinin veya bir üst yöneticinin onayıyla yürürlüğe konulur ve uygulanır. Eylem planında öngörülen faaliyet ve düzenlemelerin gerçekleşme sonuçları, Strateji Geliştirme Daire Başkanı tarafından her yılın Haziran ve Aralık ayları sonu itibariyle eylem planı formatında Rektöre rapor edilir. İç kontrol sisteminin oluşturulması uygulanması izlenmesi ve geliştirilmesi amacıyla oluşturulan 79 genel şart içerisinde 55 genel şart hususunda makul güvence sağlanmıştır. Kalan 24 şartın gerçekleştirilebilmesini teminen eylem planındaki takvime uygun biçimde çalışmalar yürütülmektedir. Üniversitemizin iç kontrol ve kalite gelişim süreci kapsamında bulunan tüm belgelerin Elektronik Kamu Bilgi Yönetim Sistemi (KAYSİS) içerisinde yer alacak şekilde hazırlanması onaylanması ve güncelleştirilmesine ilişkin standartları belirleyen Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi KAYSİS Belgesi Hazırlama Prosedürü 14.12.2015 tarihli senato kararı ile yürürlüğe girmiştir.