Üniversitemizde kurum kültürünün en önemli unsurlardan birisi olan iç kontrol çalışmalarına 2009 yılında başlanılarak, Stratejik Plan ve İç Kontrol Standardı Hazırlama Komisyonları oluşturulmuştur. Konuyla ilgili 2009 yılında Üniversitemiz Kamu İç Kontrol Standartlarına Uyum Eylem Planı hazırlanarak Maliye Bakanlığına gönderilmiştir. Üniversitemizde iç kontrol standartlarına katkıda bulunan pek çok otomasyon bilgi sistemi (say2000i, E-Bütçe, KBS, TKYS, Öğrenci Bilgi Sistemi vb.) bulunmaktadır. İç kontrol sisteminin oluşturulması, uygulanması ve geliştirilmesi çalışmaları, Üst Yöneticinin liderliği ve gözetiminde, İç Kontrol İzleme Ve Yönlendirme Kurulu ve İç Kontrol Standartlarına Uyum Eylem Planı Hazırlama Grubunun yönlendirmesi ve yönetiminde, Strateji Geliştirme Daire Başkanlığının desteğinde harcama birimleri eliyle yürütülmektedir. Kurulun ve Grubun sekretarya hizmetleri Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı tarafından yürütülmektedir.