İç kontrol sisteminin oluşturulması, uygulanması ve geliştirilmesi çalışmaları, Üst yöneticinin liderliği ve gözetminde, İç Kontrol İzleme ve Yönlendirme Kurulu ve İç Kontrol Standartlarına Uyum Eylem Planı Hazırlama Grubunun yönlendirmesi ve yönetminde, Strateji Geliştrme Daire Başkanlığının desteğinde harcama birimleri eliyle yürütülmektedir. Kurulun ve Grubun sekretarya hizmetleri Strateji Geliştrme Daire Başkanlığı tarafından yürütülmektedir.