Çağdaş bilimsel çalışma yöntemlerini uygulayarak bilimsel araştırmalar yapmak ve özellikle Bilecik İli ve yakın çevresinde arkeolojik araştırma projeleri oluşturmak. Bilecik ili, Anadolu içleri ile Marmara bölgesi ve dolayısıyla Balkanlar arasındaki önemli bir doğal ulaşım yolu üzerinde yer almaktadır. Bu durum söz konusu bölgenin tarihin her döneminde yoğun bir iskan görmesine neden olmuştur ve çevre bölge kültürlerinin şekillenmesinde de önemli rol oynamıştır. Ancak bölgede bugüne kadar yapılan arkeolojik araştırmalar yok denecek kadar azdır. Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Arkeoloji Bölümü bölgedeki arkeolojik araştırmalara canlılık getirerek oldukça yeni sayılan Bilecik Arkeoloji Müzesi’ne de eser kazandırmayı amaçlamaktadır. Bu sayede bölgenin arkeolojik zenginliklerinin ortaya çıkarılması ve tanıtımı sağlanarak bölge ve ülke turizminin gelişmesine de katkıda bulunulmuş olacaktır.